В 1991 году со сменой политического строя, сменилось и название музея. Филиал центрального музея Ленина стал Красноярским музейным центром. В отличие от традиционных музеев он обратился не к прошлому, а к будущему культуры. Сложилась уникальная ситуация: музейный центр оставался по-прежнему  хранителем культурных ценностей, но в то же время презентовал новые  пространства и смыслы ─ знаковый проект «Новые территории искусства». С этого времени музей развивается по индивидуальному пути, создавая проекты, впервые произошедшие в музейной жизни России. 

Сегодня знаменательный день,- Красноярскому музейному центру исполнилось 25лет. Это первая юбилейная дата музея, по официальному государственному статусу. 25лет для музея, для учреждения культуры,- это, конечно, небольшой временной срок. Но в содержательном плане, в плане своей интенсивной деятельности, музей, можно сказать, сжал в себе время нескольких эпох, в прямом и переносном смысле. 

 Судьба музея сложилась непростая и в каждый переходный момент своей жизни мы честно ставили перед собой вопрос: Кто мы? Зачем мы? Куда мы? Начинал свою деятельность музей как единственный филиал Центрального музея В.И.Ленина в Сибири и на Дальнем Востоке. При всей неоднозначности того времени, необходимо отметить, что в 1987году Красноярск и красноярцы получили достойное архитектурное здание в стиле модерна и уникальные музейные технологии, которыми был оборудован музей и даже на сегодняшний день эти технологии поражают воображение не только посетителей, но и специалистов музейного проектирования, тем более что все было сделано руками красноярцев. 
Но пришел август 1991года. И нам   пришлось ответить на вызов времени созданием новой концепции музея, концепции КИЦ, где во главу угла был положен «инновационный проект, рассчитанный на эксперимент и поиск, на разработку принципиально новых форм деятельности, а не на воспроизводство существующих типов учреждения культуры. 
Это был конверсионный проект, предполагающий превращение одного из ключевых элементов бывшей идеологической инфраструктуры в центр новой российской культуры. 
Но, конечно, это был экологический проект, который во многом строился как продолжение уже существующих тенденций, и нацелен на реализацию потенциала конкретных социокультурных ситуаций, сложившихся в данный момент времени.
Именно, проектная деятельность, заложенная в концепции КИЦ, дала возможность в 1995 году провести первую Красноярскую международную музейную биеннале, собравшая впервые на одной площадке музеи и художников, давшая фантастический толчок в развитии экспозиционной и коммуникационной деятельности музеев. Именно тогда появилась ассоциация «Открытый музей». Это был очень нужный и важный опыт музеев в новой российской культуре. Именно тогда, КИЦ в 1998году получил приз Совета Европы, врученный в Страсбурге музею «за лучшую европейскую идею». И намного позже в Москве министерством культуры России были созданы «Интермузей» и «Союз музеев России». 
На сегодняшний день «Красноярская музейная биеннале» является визитной карточкой КМЦ да и города Красноярска в целом, и представляет собой один из лучших региональных проектов инновационной российской культуры в области современного искусства. 
Мы были первыми в России, реализовав такой проект как «Музейная ночь», создав свою версию музейной ночи в отличие от европейской «Ночь в музее». Красноярская музейная ночь,- это уникальный опыт создания творческой лаборатории в работе с молодежными субкультурами. Это мегапроект, на котором презентируются и представляются самые смелые, самые неожиданные идеи и который собирает на одну ночь до трех тысяч человек. 
Практически музейная ночь запустила проект креативной площадки работы с молодыми художниками. Это и летняя школа биеннале, Арт-сессия, школа молодого дизайнера, школа культурной журналистики и многое другое. 
На сегодняшний день КМЦ представляет собой достаточно сложный организм учреждения культуры, в котором соединились функции хранения и собирания коллекции современного искусства, выставочная, коммуникационная, образовательная и активная проектная деятельность. Музей проектирует большое количество новых экспозиций, разрабатывает и представляет паблик-арт объекты в Красноярске и на территории края.
Такая полифония в деятельности музея дает возможность говорить об уникальной креативной площадке в городе Красноярске, на которой сконцентрированы лучшие творческие силы в области экспозиционной, проектной, образовательной и кураторской деятельности современного искусства. Можно сказать, что музей больше похож на культурно-инновационный центр, где не только собирают и представляют коллекции современного искусства, но и происходит образовательный процесс по «зажиганию» новых звездочек, которые со временем проявляются и достойно представляют  школу КИЦ, как в Красноярске, так и в других городах России. И это, возможно, главный и неоспоримый результат деятельности музея за свои 25 лет. 

25 лет – это не только подведение итогов, что было сделано, но и важно поставить себе задачу на следующие годы. Необходимо честно ответить на вопрос: что значит музей в 21 веке? Что значит музей даже не в постиндустриальном обществе, не в информационном обществе, а в эпоху воображения, в которую мы вступили по определению культурологов и философов? В эпоху, когда творчество становится главным инструментом развития, в эпоху инноваций и переоценки ценностей. И в этом смысле на музей возложена главная задача, служить личности и свободе.